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島を離れようとしていたセフィリアとベルゼーに、突如現れたNO.XII・メイソンが反逆。エミリオ、クランツ、バルドル、星の使徒だったシキとドクターらを加えた“ゼロナンバーズ”を率い、“究極の平和”を実現すると宣言。二人に迫る。一方、闘いを終え一息つくトレインたち。スヴェンはイヴをこのままにしておけないと考え、学校に通ってはどうかと提案し彼女を怒らせてしまう。そんなイヴの前にドクターが現れ、彼女を捕らえる。