千姫と幸村の心からの声が、宗朗にかかる義仙の精神呪縛を解き放った。目覚めた宗朗は徳川慶彦に、天草に対抗するため、自分たちが協力すべきだと訴える。しかし提案を一蹴する慶彦。かねてより進めていたマスターサムライを人工的に作る計画“イザナミ計画”が成功した慶彦は、宗朗たちを不要と排除しようとするのであった。宗朗を守るため、慶彦の前に立ちはだかる十兵衛。そしてダルタニアンもまた慶彦を守るため剣をとる。激しい戦いを繰り広げる二人のマスターサムライ。だが、そのとき、義仙の天草復活の宣言とともに、学園塾は霊的エネルギーによって包み込まれようとしていた…。