仲間の想いを力に変えてジェネシスを破った雷門中イレブン。自分が間違っていたという吉良星二郎を、逆上したウルビタのシュートが襲う。身を呈して彼を守ったグランは、吉良が自分の大事な「お父さん」だと言う。吉良の口から語られる、実の息子・ヒロトの死とジェネシスの子供たちの関係。そして、富士山に落下した隕石から発見されたエイリア石を分析するうちに、石の力に魅入られた吉良は、ヒロトの復讐のためにその力を使おうと考えたのだ。その告白に言葉をなくす一同。その時、基地全体が大きく揺れ、研究所が崩れ始める。脱出を急ぐ雷門中イレブンたちは、ジェネシスの選手たちとともにイナズマキャラバンに乗り込むが、吉良星二郎はグラウンドに立ち尽くしたまま動こうとせず……。