「ミサカネットワーク」を統括する個体として作られた「打ち止め(ラストオーダー)」。彼女を引き取ってもらおうと、「絶対能力進化(レベル6シフト)」計画の担当研究者・芳川桔梗の元にやってきたアクセラレータだが、芳川は「打ち止め」の危機的状況を示唆する。彼女の脳にとある命令が上書きされたことによって、「妹たち(シスターズ)」が暴走、全世界が驚異にさらさせるというのだ。「打ち止め」を保護するかの選択を迫られるアクセラレータ。タイムリミットは9月1日午前0時ちょうど。「打ち止め」と別れたファミレスで、天井の姿を見かけていたアクセラレータは、すでに閉鎖された実験の研究所で彼を発見する。逃げようとする天井を難なく捕え、「打ち止め」を確保するが、タイムリミットを前に、ウイルスが起動準備に入ってしまい――。