図らずも、家に押し入ってきたレスリーを殺してしまったジェイコブは、ショックにうちひしがれる。

ローラとイアンは家族で生き残ろうと必死だった。彼らの写真が入った箱を受け取ったジェイコブは箱を捨てるが・・・

ジェイコブは、マックスが監視人たちと密接なつながりがあること、そして自分をゲームに引き込んだのもマックスであることを聞かされる。

不動産業者のフランクは客のジョジーに売り家を見せていたが、彼女にハンマーで殴られて殺される。

エリーとともにゲームから抜けようとするジェイコブは、エイヴリーを脅し、マックスと連絡を取ろうとする。

襲撃を受けたジョジーの一家は激しい銃撃戦の末に自宅の隠し部屋に逃げ込んだ。なんと追っ手も母親と子供２人の家族だったのだ。

ジョジーと２人の子供達はパニックルームに逃げ込んだものの、出るに出られず、ションドラ親子との持久戦に入っていた。

愛するトレヴァーを殺されたアレックスは隠し部屋で怒りに震えるが、母のジョジーに止められて外に出られない。

３人を立て続けに殺害したジェイコブがエイヴリーのもとに戻ってくると、すでに黒い箱が届いていた。

時は西暦2149年。地球は環境破壊が進み、人口過多によって人口規制が敷かれていた。

シャノン一家は、時が経つうちにテラノバでの新たな生活にも少しずつ慣れてきた。

テラノバ近郊の野外基地で調査をしていた研究員たちから、突然連絡が途絶えた。

ある晩、敵対するシクサーズのリアという少女がテラノバの警護兵に保護される。

若い兵士フォスターが凶暴な肉食獣ナイコラプトルに襲われて死亡するという事件が起こる。

のどかな休日を過ごすテラノバの人々。そこへある日突然巨大な隕石が空から落ちてくる。

高名な地質学者ホートンが半年間の野外調査を終えてテラノバへと戻ってきた。

テイラーが初めてテラノバへ到着した日を祝う「収穫祭」が近づいていた。

単独でジャングルへ向かったテイラーは、運悪く遭遇したミラに捕らえられてしまう。

スパイの正体をつきとめるため、ジムは医療センター関係者への事情聴取を進める。

ルーカスは、ついにポータルを相互通行にすることに成功し、未来の2149年に帰還する。

敵に捕らわれていたジムは、家族の協力により脱出を試みるが危うく捕まりそうになってしまう。

ウォルシュが何者かに銃撃された。ジャックは彼から極秘情報が記録されたカードキーを託される。

衝撃の事実を前に動揺するパーマー上院議員。一方、キムとジャネットは誘拐されたことに気づく。

メイソンによって役職を解任されたジャック。支局は封鎖されるが、ジャックはそこから脱出を図る。

暗殺計画に自分の家族が巻き込まれていることを知るジャック。その頃、キムは誘拐犯のアジトへ…。

妻に何も話せないまま病院を後にするジャック。しかし意識が戻ったジャネットが重大な事実を告げる。

真相が報道される前に、自ら事実を公表したいと訴えるパーマー上院議員。しかし家族は反対する。

スパイの正体はウォルシュの部下ジェイミーだった。同じ頃、ジャックはパーマー暗殺を強要される。

パーマー暗殺を阻止したジャック。しかし逆に暗殺犯として拘束され、逃亡する事態に込まれる！

CTU、警察、シークレットサービスから追われるジャック。しかし疑惑の人物の存在が明らかに！