遺伝子工学の世界的権威である大学教授が殺害される事件が発生。准教授の八木橋によると、教授が取り組んでいたのは鳥インフルエンザに関する研究だったという。

右京が突然、消息を絶って1週間。亘は、何者かによって海に流された右京のスマートフォンが秋田に流れついたことから、潮流を計算し、北海道付近に浮かぶ“天礼島”にあたりをつける。

右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、連続殺人の容疑が掛かった岩田（船越英一郎）を囮に、事件に関する情報を集めるため“信頼と友好の館”内部を捜索することに。すると、ミナ（北香那）らメンバーの部屋から、片山雛子（木村佳乃）がとある協会の顧問に就任したことを伝える週刊フォトスを見つける。

益子から飼い猫の捜索を依頼された右京と亘は、郊外の一角で無事に猫を保護。後日、益子と連れ立って、保護に協力してくれた小学生・明菜に礼を言うためマンションを訪れる。

厚生労働省の過重労働撲滅特別対策班、通称“かとく”の職員が転落死体で発見された。かとくのメンバーは、特別司法警察職員として違法な事業所を検察庁に送検する権限があるため、口封じに殺された可能性も考えられた。

青酸カリの中毒死で『スノウ』というペンネームを持つ人気覆面詩人の女性が殺害された。現場から亘の写真が発見されたため、伊丹たち捜査一課が事情を聞くと、スノウの正体は、遺体で発見された女性ではなく、竹田ユキという名の別人で、数年前に別れた元恋人だという。

右京は、清掃員として働く顔馴染みの和江に頼まれ、亘と共に古いアパートの一室を訪れる。空室のはずなのに不審な物音がするので、中を調べてほしいという。

伊丹が婚活デートに臨もうとした矢先、アポ電強盗が発生し、捜査への合流を余儀なくされる。被害者は、医師の息子を持つ大井川君枝で、傷害トラブルの示談金が必要という電話を受けた直後、3人組の男が押し入ってきて2000万円もの現金を奪われたという。

研究費の横領容疑で逮捕された大学教授・皆藤の保釈金3000万円が奪われる事件が発生。襲撃された准教授の佳奈恵によると、犯人はテーザー銃（遠距離対応型スタンガン）を使う3人組の男だったという。

遠隔操作技術の第一人者である大学教授の皆藤は、横領の罪で逮捕されていたが、それは研究の乗っ取りを目論む准教授・佳奈恵がでっち上げた冤罪であることが判明。

右京が何か隠しごとをしているのではないか？ …と疑念を持った亘は、仕事帰りに尾行。すると、右京らしき人物が、幼い子供とその母親の2人とスーパーで買い物をした後、まるで家族のようにアパートの一室で仲睦まじく過ごす姿を目撃する。

年の瀬。右京と亘は、山奥のゴルフコースで開かれる警視庁主催の親睦ゴルフコンペに、“準備係”として駆り出される。

サイバーセキュリティ対策本部の土師太が、青木に頼まれたと言って、右京に本を返しに来た。貸した覚えのない右京は事情を探ると、青木が無断欠勤している上、外部から警視庁のデータベースにアクセスしていることが判明。

右京と亘は、遺留品の返却で奥多摩の山村を訪れる。そこで出会った駐在の草野や移動スーパーを営む琴江によると、村にはいまだ山岳信仰が残っていて、その日も山は禁足地になっているらしい。

原宿で身元不明の変死体が見つかり、伊丹たちが捜査に乗り出すが、その後、事故と断定される。そんな中、スコットランドヤード時代の右京の相棒で、犯罪者に私刑を下している疑惑がある南井が、特命係に現れる。

再来日した南井の行動を注視していた右京は、東京・山手線沿線で相次いで起きている殺人事件が、かつてロンドンの地下鉄で発生した“逆五芒星事件”と呼ばれる連続殺人と多くの類似点があることに気づく。

ケアハウスの理事長が殺害され、現場の痕跡から“けむり”と呼ばれる連続窃盗犯の関与が浮上。けむりは、たばこの吸い殻以外、現場に何の痕跡も残さず、煙のごとく姿を消す窃盗犯。

郊外の空地で両手の親指が切断された女性の絞殺体が発見された。犯行の手口から捜査一課は、これまで2人を殺害している“指切り男”が、2年ぶりに現れたと警戒を強める。

リゾート開発会社・如月リゾートが、オーベルジュ（宿泊もできるレストラン）の契約のために用意した1億円を強奪される事件が発生。契約金の運搬を担当した如月リゾートの社員・鶴橋光太郎が背後から襲われ、入院を余儀なくされた。

与党幹事長の口利き疑惑に関与したとされる大手ゼネコン社員が社屋から転落死する事件が発生。警視庁上層部は、現場に争った形跡があったにも関わらず自殺での事件処理を図り、権力による“口封じ殺人”を疑った右京と亘は、独自の捜査を開始。

亘は、最近、右京の推理力が衰えているのではないかと、角田にこぼしていた。軟禁された天礼島の事件や、重大な見落としをして「僕としたことが！」と嘆いたテロ未遂事件などをあげつらいスランプを危惧するが、右京自身は、どこ吹く風で…。

春。交通機動隊の白バイ警官・出雲麗音が何者かに銃撃された。警視庁は総力を挙げて犯人を捜すが、夏になっても手掛かりさえ掴めない。

贋作を売り歩いていた画商が自首してきたものの、買い手は自身の目利き力が傷つくのを嫌い、いずれも「騙されたわけではない」と主張。

ある日、都内の河川敷で、鎌田（永嶋柊吾）という区役所に勤める男の撲殺死体が発見される。

角田（山西惇）が給付金詐欺に引っ掛かっていることを察した右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、詐欺グループと連絡が取れる状況を利用して、主犯を捕まえようと動き出す。

噺家の椿家一門の師匠である椿家團路（笹野高史）が、公演中、高座で古典落語『死神』をやっているさなか、突然倒れ、そのまま息を引き取った。

ある夜、中迫（宮川一朗太）という男性客が、雨宿りのために飛び込みで小手鞠（森口瑤子）が営む小料理屋『こてまり』にやってくる。

貿易会社の社長・速水（綱島郷太郎）がマンションの一室で殺害される強盗殺人事件が発生。

顔に殴られたアザのある少年を見かけ、声を掛けた右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、思い掛けず「友だちを助けて下さい！」と頼まれる。そんな中、近年急激に成長している激安スーパーの創業者・小峰（鎌倉太郎）の小学生の息子が誘拐される事件が発生。ところが、小峰は警察に介入されたくない理由でもあるのか、一向に通報する様子がない。

老舗眼鏡メーカー・田崎眼鏡の女性専務が、殺害される事件が発生。田崎眼鏡では、3か月前、社長の田崎恭子（かとうかず子）が心臓発作で倒れた後、“お家騒動”が勃発。警察は、恭子の長男が、社長を代行していた女性専務に反感を抱き、殺害したとして行方を追っていた。いっぽう、向かいのマンションを興味本位で覗いていた青木（浅利陽介）は、不審な入居者を目撃。話を聞いた右京（水谷豊）と亘（反町隆史）が調べると、次男と末娘が恭子をかくまっていることが判明する。