とある山中の深夜。西脇みのり、小笠原史、蓮見奈緒の3人は男の死体を埋めようと懸命に穴を掘っていた。

鴨川で男性の遺体が発見され、所持品から土門の名刺が見つかった。手や顔は水を吸ってふやけていたが、マリコらの鑑定の結果、身元が15年前に舞鶴で殺人と覚醒剤取締法違反で逮捕され、最近出所したばかりの飯沼和郎と判明した。

子供服メーカーのファッションイベント開催中、その控室で社員の渡辺和登の遺体が、人気キャラクター「ヤンヤン」の着ぐるみを着ている状態で見つかった。

小学校教諭・栗山彩子の他殺体が自宅で見つかった。夫の勝典が、娘の陽菜と外出から戻った所、遺体を発見したという。

日本の昆虫学の権威・花森栄一教授が自身の研究室の中で何者かに襲われ、意識不明の重体となった。花森の指先からドライジン、ライムなどが検出され、花森が事件前夜にバーでカクテルを飲んでいたことが判明。

セレブの日常を上から目線で語る人気ブロガー、通称“絵美里様”こと三島絵美里の射殺体が、とある村の森の中で発見された。マリコらは現場で発見されたライフルの銃弾から被害者の血液を検出。

プロゴルファー・矢吹伸太郎の遺体が自宅の庭で見つかった。遺体を調べたマリコは、着衣の袖口から黄色い物質、右手首にかぶれと圧迫痕を発見しただけで他殺とは断定できない。

兵庫、和歌山、大阪で計3人の女性を絞殺し、大阪府警に逮捕されたものの、弁護士との接見中に逃走した容疑者・荒木田修の姿が、京都駅の防犯カメラで発見された。

廃工場で、男性の撲殺死体が見つかった。被害者の手指には絵の具が付着していたほか、現場の壁には描き終えたばかりと思われる、見事な馬の絵が残されていた――。

科捜研の元物理担当研究員で現在、カナダの“科学捜査センター”で働く相馬涼（長田成哉）から突然、京都に行くから科捜研に立ち寄る、という連絡が入った。

著名な絵本作家・早乙女由子が、何者かに頭部を殴られて殺害された。由子は心臓に持病があり、2カ月前から入院していたが、事件当日は昼から一時帰宅していたようだ。

焼けた廃倉庫の中から、全身が炭化した遺体が発見された。榊マリコらの鑑定の結果、70歳過ぎの白人男性とわかる。犯人は被害者を薬で眠らせた上で、倉庫に火を放ったようだった。

80歳の資産家・森留蔵が、自宅で死んでいるのが見つかった。臨場した榊マリコは、病死と決めつける40歳年下の妻・聡美に疑念を抱く。

榊マリコは科捜研メンバーの涌田亜美、橋口呂太と休暇を取って和歌山へ。ところが、パンダで人気のテーマパークを訪れた際、不審な男が家族旅行中の小学生・笠倉桃香のリュックを奪おうとする場面に遭遇！

京都で強盗傷害事件、和歌山で少女連れ去り事件を起こして逃走していた容疑者・新浜陽一が、刺殺体となって発見された。

榊マリコと土門薫のもとに、“京都観光促進センター”の園崎乙弥から相談が舞い込んだ。

寿司店の店主・若杉登が、店内で絞殺されているのが見つかった。若杉は寿司に強いこだわりを持つ頑固な職人として知られており、彼の店は予約1年待ちという人気店だった。

京都・嵐山にある“静嵐寺”で、前頭部から血を流した“嵐徳寺”の住職・和田淳雄の遺体が発見された。静嵐寺の住職は昨年、他界し後継者もいなかったため、師匠に当たる和田が時折、静嵐寺を訪問していたらしい。

神社の境内で、宝石店の警備スタッフ・春田光彦（モト冬樹）が脇腹を刺されて倒れているところを発見された。

宇治川のほとりで、宇治茶の老舗“久住茶寮”の職人・橋本俊介の遺体が発見された。榊マリコらが検視した結果、死因は鈍器で頭部を殴打されたことによる“急性硬膜下血腫”と判明。

内科医院の元院長・瀬田一郎が、自室で何者かに殺害された。夜9時半ごろ大きな物音がしたため、妻の春子が様子を見に来て遺体を発見したという。

“ぬか漬けの女神”として有名な料理研究家・森本雪絵の夫で、所属事務所の社長でもある純一が、オフィスで殺害されているのが見つかった。

解剖鑑定書を届けに来るはずの解剖医・風丘早月がなかなか現れず、到着を待っていた榊マリコら科捜研メンバーたち…。

京都市内で銀行強盗が発生。犯人の男たちは、赤と青の風船を並べたような不思議な形の爆発物を持って逃走した。一方、榊マリコ（沢口靖子）が休みの科捜研では、橋口呂太（渡部秀）たちが防犯カメラの映像を確認するものの、それだけでは爆発物の特定はおろか本物かどうかも分からない状況だった。

榊マリコの住むマンションに、成分不明の爆発物を所持した銀行強盗3人組が逃げ込んだ。現場の部屋に潜入したマリコの機転によって爆発物の種類は特定され、誘拐された杉原夫妻の息子・卓海がマンション内のごみ集積場で、もう1人の犯人に囚われていることも分かる。

榊マリコは、府警本部の刑事部長・藤倉甚一に、地域課巡査の平野頼通が親しげに声をかけるのを見た。小中高が一緒で親友だという2人。

パン工房で男の遺体が見つかり、榊マリコら科捜研の面々が臨場する。被害者はこのベーカリーの店主・長内保男。後頭部に裂傷と陥没があり、作業台の角に本人の血痕が付着していたことから、そこに頭をぶつけたものとみられた。

本城テック副社長の本城雄作が自室で刺殺体として見つかった。雄作は鉄道玩具コレクターで、榊マリコらが臨場したときも周回軌道を鉄道模型2台が走行していた。

工場に勤務する古田憲一の遺体が空き地で発見された。後頭部の傷から転落死とみられたが、現場や遺体の状況から何者かにより運び込まれたことが疑われる。

フリーライターの広辺誠児が絞殺された。臨場した榊マリコは、遺体の下から1999年12月31日付けのチケットを見つける。